Navazující magisterské studium je dvouleté, v prezenční formě studia. Studium je zakončené státní závěrečnou zkouškou.

Studium je koncipováno jako navazující na úspěšně ukončené bakalářské studium téhož oboru na HAMU nebo jiných uměleckých školách. Na obor Hudební produkce je akceptován bakalářský diplom z příbuzných oborů na jiné vysoké škole (VŠE - obor Arts manager, FF UK - obor Hudební věda), na obor Hudební teorie diplom z téhož oboru na jiné vysoké škole. Na obor Komorní hra je akceptován bakalářský diplom z interpretačního oboru nebo oboru Komorní hra na jiné VŠ. Studium uměleckých oborů je soustředěno převážně na hlavní obor studia, na získání nejvyšší mistrovské úrovně a integrace vědomostí do širších a obecnějších souvislostí. U vědeckých oborů je magisterské studium soustředěno na dovršení schopnosti tvořivé teoretické reflexe umělecké praxe a zároveň schopnosti samostatné vědecké práce, směřující k rozvoji oboru. Absolventu studia je udělen akademický titul magistr umění (ve zkratce MgA.) uváděný před jménem.